Les Jedi et les armées de Clones défendent la République qui vacille face aux forces séparatistes, menées en sous-main par Palpatine alias Dark Sidious. Conclusion cataclysmique d'une grande série qui fusionne parfaitement avec les événements survenus dans l'Épisode III : La Revanche des Sith.
La République toute entière est en train de basculer dans le chaos... et c'est exactement ce que souhaite Dark Sidious, le Sith qui est en réalité Palpatine. Grâce à l'Ordre 66, les Clones se retournent contre les Jedi pour tous les éliminer. Le coup d'État a fonctionné et la galaxie sombre dans la terreur, tandis que Dark Vador pourchasse les derniers Jedi.

Face à la montée des forces séparatistes, les Jedi sont obligés de se salir les mains. Des alliances se forment, des destinées se forgent et certains Jedi - jadis hommes de paix - sont aujourd'hui infiltrés dans les rangs de l'ennemi se confrontant ainsi au côté obscur. Aayla Secura et Quinlan Vos en découvrent le prix tout particulièrement le prix. La République toute entière pourrait bien basculer dans le chaos...

Face aux forces Séparatistes, les Jedi et les armées de Clones défendent la République qui menace de vaciller. Ils sont impliqués dans cette grande Guerre des Clones qui met la galaxie à feu et à sang.

Les Chevaliers Jedi espèrent mener une bataille décisive sur la planète Boz Pity contre les forces Séparatistes du Comte Dooku. Pendant ce temps, Obi-Wan Kenobi s'est lancé à la poursuite d'Asajj Ventress, une Jedi passée du côté obscur de la Force que tout le monde croyait morte. Dans sa quête de vengeance, il risque cependant de mettre le destin de toute la galaxie en danger...

Des mutins de la flotte Rendili ont pris le contrôle d'un croiseur interstellaire afin de le mettre à disposition des forces Séparatistes. Un groupe de Maîtres Jedi, auquel s'est joint Anakin Skywalker récemment adoubé Chevalier, a juré de les stopper. Pendant ce temps, Obi-Wan Kenobi découvre que les Jedi noirs à la solde du comte Dooku, parmi lesquels se trouve Quinlan Vos, sont également à bord du vaisseau...

Lorsque la guerre qui décidera du destin de la galaxie éclate, les Chevaliers Jedi doivent livrer leur plus dur combat à la tête d'une armée de Clones qui représente l'ultime espoir d'une République vacillante.

La Guilde des Chasseurs de Primes se retrouve dans la ligne de mire d'une section d'assaut spéciale menée par Mace Windu, pour avoir accepté de pourchasser des Chevaliers Jedi en dépit des accords de non-agression entre les deux factions. Pendant ce temps, Anakin Skywalker fait l'apprentissage de la notion de sacrifice de la vie au profit d'une cause plus importante.

Durant des millénaires, les Chevaliers Jedi ont fait régner l'ordre et la justice au sein de la galaxie, assurant ainsi la stabilité de la République. Mais aujourd'hui, de la défense, il leur faut passer à l'attaque en menant leur armée contre les forces séparatistes qui veulent renverser la République. De leur vaillance, mais aussi de leur sens stratégique, dépendra l'issue de cette guerre sans précédent.

Le Maître Jedi Quinlan Vos a déjà dû lutter contre l'influence du côté obscur de la Force. C'est pourquoi il est choisi pour une mission d'espionnage à hauts risques : l'infiltration du cercle rapproché du redoutable Comte Dooku, leader des forces séparatistes. Pour Quinlan Vos et sa padawan, Aayla Secura, ce nouveau voyage vers le côté obscur pourrait bien être le dernier.

Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker commandent un régiment de Clones dans les bourbiers de la planète Jabiim, où se trouvent des ressources vitales pour les deux camps. Privés de renforts et d'approvisionnement à cause des orages incessants, ils deviennent des proies faciles pour l'ennemi... Mais la situation empire quand Obi-Wan disparaît, laissant Anakin seul à la tête de Jedi inexpérimentés.

Depuis la bataille de Geonosis qui concluait l'Épisode II, les forces séparatistes, dirigées par le Comte Dooku, tentent de faire sécession. Pour les empêcher de détruire une fabrique de Clones, un commando de Jedi - parmi lesquels Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker - est envoyé sur la planète aquatique Kamino. Ils découvrent que Jango Fett, bien que mort, joue encore un rôle important dans cette guerre.